Después del asalto a los cuarteles Guillermon Moncada y Carlos Manuel de Céspedes los sobrevivientes de esta acción según la sanción que se le impuso fueron trasladados al presidio Modelo en Isla de Pinos.
Al llegar los jóvenes de la generación del centenario fueron ubicados en el último calabozo sin ninguna posibilidad de contacto con los restantes inculpados del penal.
Ninguno de ellos se amilanó ni perdió el espíritu combativo. Rápidamente organizaron diferentes actividades revolucionarias relacionadas con la superación cultural y política.
Fundaron una escuela dentro de la penitenciaría una escuela con el nombre de Abel Santamaría Cuadrado. Allí los jóvenes de menor nivel cultural recibían clases de Matemática, Español, Geografía e Historia: y los de mayor nivel aprendían Historia, Geografía, Filosofía y Oratoria.
También crearon una biblioteca donde existían libros como: Así se templó el acero, de Nicolás Ostrowski, Los Miserables, de Víctor Hugo y un compendio de la obra El Capital, de Carlo Marx.
Por otro lado organizaron labores de limpieza y de servicio y crearon una cooperativa para distribuir alimentos, medicinas y otros artículos que enviaban los familiares.
Un hecho que vale la pena destacar es la actitud firme y decidida de los combatientes al enterarse de que Fulgencio Batista visitaría el presidio. Todos unidos y convencidos de la disposición de continuar la lucha decidieron manifestarse frente a frente al tirano.
Ante la presencia de Batista, Juan Almeida avisa a sus compañeros y al unísono entonaron las notas del Himno del 26 de Julio.
A partir de entonces la represión se arrecio. Muchos combatiente, fueron confinados a celdas aisladas. Agustín Díaz Cartaya, autor de la marcha sufrió torturas y Fidel fue aislado e incomunicado.
La lucha de Fidel se multiplicó. Se dedicó a escribir, orientar y a reafirmar lo justo de la causa por la que se luchaba la confianza depositada en las masas populares.
El presidio político sirvió a los jóvenes de la Generación del Centenario para profundizar en los estudios políticos, económicos y sociales, fortalecer la conciencia revolucionaria y la convicción de que la lucha armada era el camino correcto para la liberación de Cuba.