Nació el 3 de julio de 1915, en Santa Fe, en la capital cubana y desde joven fue un defensor de las ideas de José Martí. Desde bien joven se opuso a la dictadura de Gerardo Machado, el tristemente célebre Asno con Garras.
Por eso, con solo 17 años, lo encarcelaron en un presidio que nada tenía de modelo, en la antigua Isla de Pinos. Se convirtió en ese momento (1932) en el recluso político más joven de esa cárcel.
Salido de la prisión se enroló en labores periodísticas para denunciar la corrupción imperante en Cuba y difundir su visión política, la que fue publicada, fundamentalmente, en los rotativos Catapulta y El Sol.
“No abandonaremos nuestra pluma mientras no obtengamos la realización del programa revolucionario que nos impusimos al principio de la lucha, a no ser que la esterilidad de la misma nos demuestre la necesidad de medios de acción más radicales”, redactaba en el primero de estos periódicos cuando apenas contaba con 18 años.
En marzo de 1936 fue arrestado nuevamente y condenado entonces a ocho años de prisión en la propia cárcel que ya conoció cuatro años atrás; quedó libre en julio de 1937 gracias a una Ley de Amnistía.
Se convirtió en militante del Partido Ortodoxo después de haber integrado el Partido Revolucionario Cubano (Auténtico) y haber fundado la Sección Juvenil Auténtica.
Por su conducta intachable lo eligieron Concejal por Marianao en 1944 y desde su puesto en la Cámara Municipal criticó con fuerza y sinceridad a las autoridades administrativas de ese territorio.
Después del 26 de Julio de 1953 se convierte en “ficha peligrosa” en los archivos del régimen de Fulgencio Batista si bien no participó en el asalto a los cuartales Moncada y Carlos Manuel de Céspedes.
Al parecer para intimidarlo, agentes de la policía allanaron su casa varias veces, pero Juan Manuel siguió denunciando las atrocidades de la tiranía batistiana.
Eso explica por qué en la noche del 5 de junio de 1955 lo apresaron y le propinaron una tremenda paliza, al punto que debió ser ingresado en la clínica Santa Emilia. Desde las páginas del Diario La Calle, el joven abogado Fidel Castro denunció el abuso.
Al visitarlo, dos días después del brutal ataque, Fidel lo captó para la Dirección Nacional del Movimiento 26 de Julio. No tardaría en convertirse en uno de los jefes principales y estuvo muy activo en los preparativos de la expedición del yate Granma.
Cuando el 2 de diciembre de 1956 llegó a Cuba por Los Cayuelos junto a otros 81 hombres, era el más veterano de la expedición del yate Granma (41 años), pero mantenía su espíritu juvenil.
Después del revés y dispersión de Alegría de Pío (5 de diciembre), Juan Manuel Márquez vagó solo, sediento, por montes y cañaverales hasta que fue apresado y asesinado en La Norma, un lejano paraje perteneciente al actual municipio granmense de Campechuela.
“Era un muchacho muy bueno, era del partido Ortodoxo, de las figuras jóvenes, un orador brillante, y como cuando nosotros salimos de las prisiones teníamos la idea de ampliar el movimiento con nuevas figuras, reunimos a los que habíamos estado en el 26 de julio con algunas otras organizaciones —así algunos compañeros se unieron en ese equipo—, y para nosotros era muy importante contar con una figura joven, del prestigio de Juan Manuel. Entonces, hablamos con él, lo captamos, y lo ganamos, pero de una manera decidida”, dijo Fidel sobre él, unas palabras que nos sirven para evocarlo no solo en las fechas de su muerte o natalicio.